Bilâhare Uygurlar, Göktürklerin iç mücadelesinden faydalanarak toplandılar. Göktürk Devletini yıktılar. 745'te, Ötüken merkez olmak üzere, Uygur Hakanlığını kurdular. Dokuz-Uygur Uruğundan, birlik haline geldiler. Uruklar, Çince kaynaklarda şöyle geçer; Yaglakar (Yaglakır), Hu-tuko (Uturkar), Hu (Kürebir), Mo-ko-sik-i (Bagasıgır), A-vu-çö (Ebirceg), ko-sa (Hazar), Hu-vu-su (Khifuzu), Yo-vu-ku (Yagmurkar), Hi-ye-vu (Ayabire).
Bu uruklardan kurulu Uygur kabilesinin idaresi altındaki Dokuz-Oğuz birliği de; Du-ku (Buku), Hun (Qun), Pa-ye-ku (Bayırku), Tung-lu (Tongra), Sse-kie (Sıkar), Ki-pi, A-pu-sse, Ku-lun-vu-ku, A-tie (Ediz)'dir. Dokuz Uruk'dan meydana gelen Uygur boyu, Dokuz-Oğuz boyunun ilâvesiyle boy sayısı ona yükselerek, On-Uygur diye anılan birlik meydana geldi. Basmıl ve Karluk boylarının katılmasıyla birlik sayısı onbire yükseldi. Uygur Hakanlığı, her boyun başına birer bey olmak üzere, on bir vali tarafından idare edilmekteydi.
Uygur Hakanı Kutlug Bilge Kül, Orhun kıyısında Ordu-balık şehrini kurup, burayı merkez yaptı. Kutlug Bilge Kül, 747'de ölünce, yerine oğlu Moyen-çor (Bayan-çor, Bilge Kağan) Uygur Kağanı oldu. Moyen-çor (747-759), kuzeyde Kırgızlar, batıda Karluklar ve onlara yardım eden Türgişler ve Basmıllar ayrıca Sekiz-Oğuz, Dokuz-Tatar ve Çikler ile muharebe edip, bunları kendine bağladı. Hakimiyetini Yenisey kaynakları, Çu-Talas havalisi, İç-Asya ve Kerulen'e kadar genişletti. Oğullarını buralara, Yabgu, Şad unvanıyla tayin etti.
Moyen-çor, Çin üzerinde de çok tesirli oldu. Moyen-çor'a bağlı Karluklar, Çinlilerle, İslâm dînini tebliğ için bölgeye gelen Müslümanlar arasında yapılan Talas Meydan Muharebesi'nde (751) İslâm ordusu tarafını tuttu. Talas Meydan Muharebesinde Çinliler, ağır mağlubiyete uğradı. Tarım Havzası, Uygurlara geçti. Çinliler, Orta Asya'dan çekildi. Çin'de büyük hâdiseler oldu. Annesi Türk olan An-lu-şan adlı bir kumandan, 200.000 kişilik bir kuvvetle, Çin'in merkezî şehirlerinden Lo-yang'ı 756'da, Çang-an'ı 757'de zaptetti. An-lu-şan, kendisini imparator ilan etti. Çinliler, bu hâdiseler üzerine, Uygurlardan yardım istemek zorunda kaldı. Moyen-çor, Uygurları yardıma çağıran Tang İmparatoru Su-tsung'u destekledi. 757'de Lo-yang'ı ve diğer merkezî şehirleri geri aldı. Çin, yılda 20.000 ton ipek vermeyi taahhüt etti. Uygur Hakanı, İmparatorun kızıyla evlendi. Moyen-çor (Bilge Kağan) 759'da ölünce yerine Bögü Kağan (Alp Külüg Bilge Kağan) geçti.
Bögü Kağan, Çin'e hakim olmak niyetindeydi. Uygur Ordusu, 762'de Çin'e sefere çıktı. Uygurların gelmesiyle Çin'deki iç mücadele sona erip, birlik oldular. Uygur ileri harekâtı durdu. Fakat, Çin'de Uygur nüfusu ve tesiri arttı. Çin'in merkez ve şehirlerinde pek çok Uygur, serbestçe ticaret yapıyor, istedikleri kadar ipekli kumaş alıp, satıyorlardı. Bögü Kağan, Tibetlilerin hücumuna uğrayan Çin'i korumak üzere, Töles asıllı Çin kumandanı Pu-ku Huai-en'in davetiyle, 762'de Lo-yang Seferini yaptı. Lo-yang Seferi, Tibetlilerden Çin'i kurtardıysa da, Türk kültürünün aleyhine oldu. Bögü Kağan, Ötüken'e dönerken, Mani dînini Türkler arasında yaymak için, dört rahibi de beraberinde getirdi. Bögü Kağan, Manihaizm'i kabul edince, bu bozuk din, Uygurlar ülkesinde resmî bir mahiyet kazandı. Manihaizm, hayvanî gıdâlarla beslenmeyi yasakladığından, disiplinli ve cesur bir kavim olan Uygurların muhariplik (savaşçılık) vasfını zayıflattı.
Bögü Kağan, Kırgızlar üzerinde de zafer kazandı. Çin'e sefer etmek isterken, buna karşı çıkan akrabası Nazır Tang Bağa Tarkan tarafından, 779'da öldürüldü. Tang Bağa Tarkan, Alp Kutlug Bilge Kağan unvanıyla, Uygur Hakanı oldu. Alp Kutlug Bilge Kağan (779-789), cesareti, iyi idaresi ve yapmış olduğu kanunlarıyla tanınır. Kırgızları tekrar mağlup etti. Çinli bir prensesle evlenince, Uygur tüccarlarının Çin'de tahakkümlerinden doğan anlaşmazlıklar ortadan kalktı. 789'da ölmesiyle yerine Külüg Bilge Kağan (789-790) ve sonra bunun oğlu Kutlug Böge (790-795) hakan oldular.
Uygurlar, iktisadî ve kültürel menfaatleri sebebiyle, Çin'i eskiden beri taarruzlardan koruyorlardı. Tibetlilerin tekrar Çin'e tecavüz etmeleriyle, yine kuvvet yardımı gönderildiyse de, başarılı olmadı. Kutlug Bilge Kağan, bu başarısızlık üzerine 795'te öldürüldü, yerine Alp Kutlug geçti. Alp Kutlug Bilge Kağan (795-805), sevilen bir kumandan ve idare adamıydı.
Külüg Bilge Kağan (805-808) zamanında, huzur devri açıldı. İktisadî hayat gelişti. İç-Asyanın önemli ticaret şehirlerine nüfuz edildi. Alp Bilge Kağan'dan (808-821) sonra hakan olan Küçlüg Bilge Kağan (821-833); Karabalasagun Kitabesini, 826'da diktirdi. Küçlüg Bilge Kağan zamanında, Türkistan'ın doğusuna inmek isteyen Tibetliler durduruldu. Karlukların başına yeni bir Yabgu tayin edilip, Soğd bölgesine kadar ticarî münasebetler geliştirildi. Fakat, Uygur ülkesinde huzursuzluk da başladı, hakan öldürüldü. Küçlüg Bilge Kağan'dan sonra yerine geçen Alp Külüg Bilge Kağan (833-839) da, nazırının tahrik ettiği isyanda öldürüldü.
Uygurlar, millî vasıflarına ters düşen Manihaizm tesiriyle gittikçe gevşeyince; Yenisey bölgesinde olup, Orhun bölgesini de kontrol altında tutan Kırgızların taarruzuna dayanamadılar. Kırgızlar, kalabalık kuvvetleriyle, 840'ta Uygur topraklarına girdiler. Uygur başşehri Ötüken'i zaptedip, son hakanı öldürdüler. Ötüken'de devletleri yıkılan Uygurlar, büyük topluluklar hâlinde yurtlarını terk ettiler. Karluk ülkesine, Çin hududuna ve daha kesif olarak da, zengin ticaret merkezlerinin bulunduğu İç-Asya'da, Beş-balık, Turfan, Kuça sahasına göçtüler.
Uygurların Ötüken'den göçleri, Hakan ailesine mensup, Vu-hi Tegin ve Ngo-nic Tegin adlı iki kardeş tarafından idare edildi. Göçten sonra, Uygur tarihinin ikinci safhası başladı. Göçü idare eden kardeşlerden Vu-hi Tegin (841-846), kağan seçildi. Uygurlar, Kırgız ve Çin taarruzlarına maruz kalıp, çok zarar gördüler. Bir kısmı Çin'in tâbiiyetine girip, Kan-Çou Uygur Devleti'ni kurdular. Bir kısmı da eski yurtlarına dönüp, Doğu Türkistan (Turfan) Uygur Devleti'ni kurdular. Fakat, bu iki devlet de, Bozkır Türk Devletinden farklı vasıflar taşıyorlardı. Hakimiyetlerini genişletme idealleri yoktu. Büyük siyasî mücadelelere girmekten sakındılar. Başta, Çin hükümetleri olmak üzere, komşularıyla dostluk ve ticarî münasebetlerini devam ettirdiler.