Şehzade Mustafa Kanuni Sultan Süleyman’ın Hürrem Sultan’dan olmayan iki oğlundan biridir. Şehzade Mehmet kendi eceli ile öldükten sonra Hürrem Sultan için kendi oğlu Şehzade Bayezid’e tek rakip olarak Şehzade Mustafa kalmıştır.
Şehzade Mustafa çok iyi eğitilmiş bir şehzade, çok cesur ve başarılı bir askerdi de aynı zamanda. Halk ve asker nezlinde de çok sevilirdi.
Hürrem Sultan ve damadı Damat Rüstem Şehzade Bayezid’i tahta çıkarmak için saray da ve devlet erkanı içinde entrikalar yaratarak Şehzade Mustafa’nın Kanuni’yi devirerek tahta geçeceğini iddaa ederler. Hürrem tarafından da zehirlenen Kanuni, kimi tarihçilere göre entrika olduğundan haberdar olmasına rağmen devletin bekâsı için, kimi tarihçilere görede haberdar olmadan kendi iktidarı için Şehzade Mustafa’nın öldürülmesini emretmiştir.
Savaş sebebiyle Konya’da bulunan bir otağa çağrılan Şehzade Mustafa, yine kimi iddaalara göre olacaklardan haberdar olmasına karşın padişaha karşı gelmek istememesinden otağa gitmiştir, padişahı yerinde bulamaz ve üzerine atlayan iki cellatla müzadele ederek kurtulmaya başarır. Daha sonra gelen cellatları deviremez ve şehzadelerin öldürülmesinde kullanılan domuz bağırsağından halatla 38 yaşında boğularak öldürülür.
Rivayete göre Kanuni infaz sırasında orada bulunarak olayı izlemiş öldürülmesinden sonra başında yas tutmuştur. Ve ölene kadar Mustafa’nın pişmanlığıyla yaşamıştır.
Şehzade Mustafa öldürüldükten sonra Hürrem Sultan’ın oğlu Şehzade Bayezid bazı politik ve askeri hatalar yaparak padişahın gözünden düşmüş ve daha sonra bizzat İran şahı tarafından öldürülmüştür. Şehzade Bayezid’in de ölümünden de sonra taht Kanuni’nin oğulları arasındaki en yeteneksiz en vasıfsız olana, Sarı Selim’e kalmıştır.